ท่านอาจารย์อูบาขิ่นหรือที่ชาวพม่าเรียกด้วยความเคารพว่า ซายาจีอูบาขิ่น เกิดเมื่อวันที่ 6 มีนาคม พ.ศ.2442 ณ กรุงร่างกุ้ง เมืองหลวงของพม่า ท่านถือกำเนิดในครอบครัวที่ยากจน โดยเป็นบุตรชายคนเล็กในจำนวนทั้งหมดสองคนของบิดามารดา เนื่องจากในสมัยนั้นประเทศพม่ายังอยู่ภายใต้การปกครองของอังกฤษ ชาวพม่าที่ต้องการความก้าวหน้าในการทำงาน จึงจำเป็นต้องรู้ภาษาอังกฤษ นับเป็นโชคดีของท่านอูบาขิ่นที่มีชายชราจากโรงงานใกล้ๆ ช่วยให้ท่านเข้าศึกษาในโรงเรียนของมิชชันนารี เมื่ออายุได้ 8 ปี ท่านเป็นนักเรียนที่เรียนเก่ง สามารถจดจำบทเรียนได้ทั้งหมด รวมทั้งท่องจำไวยากรณ์ภาษาอังกฤษได้ขึ้นใจ และสอบได้ที่หนึ่งทุกครั้ง จนได้รับทุนเล่าเรียน เมื่อจบการศึกษาเบื้องต้นจากโรงเรียนแห่งนี้แล้ว ครูชาวพม่าคนหนึ่งได้ช่วยให้ท่านเข้าศึกษาต่อในระดับมัธยมศึกษาและเตรียมอุดมที่โรงเรียนเซนต์ปอล ซึ่งท่านก็มีผลการเรียนเป็นเลิศทุกปีอีกเช่นกัน
ในเดือนมีนาคม พ.ศ.2460 ท่านสำเร็จการศึกษาจากเซนต์ปอล โดยได้รับรางวัลเหรียญทองและทุนศึกษาต่อในระดับมหาวิทยาลัย แต่ความจำเป็นทางบ้านทำให้ท่านต้องออกมาหางานทำ ไม่อาจศึกษาต่อได้ ท่านอูบาขิ่นเข้าทำงานครั้งแรกกับหนังสือพิมพ์พม่าที่ชื่อเดอะซัน แต่หลังจากนั้นก็สามารถสมัครเข้าทำงานในตำแหน่งเสมียนที่สำนักงานกรมบัญชีกลาง ซึ่งมีชาวพม่าเพียงไม่กี่คนทำงานอยู่ที่นั่น ทั้งนี้เพราะชาวอังกฤษที่ปกครองพม่าในเวลานั้นมักจะเลือกเฉพาะชาวอังกฤษหรือชาวอินเดีย